Akademiet administrerer flere vitenskapspriser.

Abelprisen for fremragende vitenskapelig arbeid i matematikk er på 7 millioner kroner og deles ut hvert år. Abelprisen ble opprettet av Stortinget i 2002 for å heve matematikkfagets status i samfunnet. Det Norske Videnskaps-Akademi er ansvarlig for tildeling til prisvinner og arrangementene i tilknytning til prisutdelingen. Dessuten gis det støtte til tiltak for barn og unge, blant annet til UngeAbel og Abelkonkurransen.

Akademiet har også ansvaret for valg av prisvinnere og utdelingen av Kavliprisen i astrofysikk, nanovitenskap av nevrovitenskap. Kavliprisen ble etablert i 2005 og er et samarbeid mellom Kavli Foundation i USA, Kunnskapsdepartementet og Det Norske Videnskaps-Akademi. Kavliprisen er på en million dollar for hvert av fagområdene, og den deles ut annethvert år.
Kavliprisen ble delt ut første gang i 2008.

I tillegg har Akademiet ansvaret for:

• Fridtjof Nansens belønning
• HUMSAM-prisen, Akademiets pris for fremragende forskning innen humaniora og samfunnsvitenskap
• Akademiets lærerpris

Les mer om alle disse prisene under menypunktene til venstre.